Alcance de la plataforma · septiembre 2026
Cinco métodos, y dónde empieza a predecir
Qué responde cada uno, cuáles se pueden construir hoy, y qué hace falta exactamente para los dos que todavía no.
el pronóstico
y funcionando
anticipación
Vista general
Los cinco, en una tabla
| Método | Qué responde | Para qué sirve | Estado |
|---|---|---|---|
| 1 · Brotes | ¿Qué muestras podrían venir de una misma cadena de contagio? | Decidir qué grupo investigar primero | Construido |
| 2 · Rasgos | ¿Qué señales biológicas trae esta muestra? | Priorizar qué muestra revisar primero | Construido |
| 3 · Fitness viral | ¿Qué linaje está ganando terreno y qué fracción tendrá en unas semanas? | Anticipar un reemplazo de variante | Por construir |
| 4 · Características | ¿Este genoma escapa a los anticuerpos? ¿resiste el antiviral? | Evaluar una variante sin esperar a que crezca | Faltan datos |
| 5 · Cadenas y genomas futuros | ¿Quién contagió a quién? ¿Qué mutación aparecerá? | Reconstruir un contagio o anticipar la próxima variante | Faltan datos |
Lo que ya existe
Métodos 1 y 2
Describen y priorizan. Todavía no predicen nada.
Construidos y funcionando
Dos preguntas distintas sobre el presente
¿Qué muestras se parecen entre sí?
Compara los genomas posición por posición, agrupa los que están lo bastante cerca en una misma ventana de tiempo, y ordena esos grupos por cuán sospechosos son: tamaño, concentración en un establecimiento, crecimiento reciente.
¿Qué trae esta muestra en particular?
Busca en el genoma marcadores asociados en la literatura a veinte características —escape de anticuerpos, transmisibilidad, resistencia a antivirales— y ubica la muestra en una cola de revisión.
Mirar hacia adelante. Ambos describen lo que ya pasó o lo que la muestra ya tiene. Son la base sobre la que se apoya el tercero, pero no pronostican.
El salto
Método 3: fitness viral
Acá la plataforma empieza a predecir.
Método 3 · fitness viral
El primero que mira hacia adelante
Los dos anteriores contestan sobre el presente. Este es el primero que arriesga una afirmación sobre el futuro — y por eso es también el primero que puede equivocarse de forma verificable: se le puede pedir que prediga semanas que ya pasaron y comprobar si acertó.
La pregunta práctica
¿Cuáles se pueden construir hoy?
Construir y validar no son lo mismo.
La distinción que evita malentendidos
Los métodos 1 a 4 se pueden programar hoy
Se puede fabricar y calibrar una balanza antes de tener qué pesar. Se la prueba con pesas de peso conocido. Lo que no se puede es decir cuánto pesa algo que todavía no llegó.
Los dos que faltan
Qué hace falta, exactamente
Con ejemplos concretos, no en general.
Método 4 · características de un genoma
Ejemplo: ¿la mutación S:F456L ayuda a escapar de los anticuerpos?
Es alcanzable por partes. Empezar usando las mediciones publicadas para reforzar el método 2 es trabajo concreto y se puede hacer sin esperar nada.
Método 5 · cadenas de contagio
Ejemplo: ¿la muestra A contagió a la muestra B?
La plataforma hoy no sabe si dos muestras son de dos personas distintas o de la misma persona secuenciada dos veces. Los identificadores se eliminaron a propósito por la ley de datos personales. Es un límite legal, no técnico, y revertirlo sería una decisión del ISP.
Una versión acotada sí está a mano
Alerta de mutaciones emergentes
No «cuál será el próximo genoma», sino: qué mutaciones están apareciendo cada vez más seguido, y si su frecuencia está subiendo.
Es el método 3 mirando mutaciones en lugar de linajes. Si el motor se construye con esa unidad configurable desde el principio, esta capacidad sale prácticamente sin costo adicional.
«El sistema predecirá el próximo genoma dominante» o «sabremos quién contagió a quién». Ningún grupo del mundo entrega eso con datos de un solo país.
Vía técnica
El detalle de cada método
Métodos, parámetros y las limitaciones que conviene conocer antes de discutirlos.
Método 1 · detección de brotes
Agrupamiento genómico con control de falsos positivos
Permutación con nulo no uniforme: se muestrea sin reemplazo del pool regional real de la misma ventana. p = (≥real + 1)/(B + 1) con B = 1.000, y control de tasa de falso descubrimiento por Benjamini-Hochberg a α = 0,05. La limitación conocida: no hay deduplicación por paciente —los identificadores se purgaron— así que una re-secuenciación se marca a mano.
Método 2 · rasgos
De variantes a un vector de largo fijo
analysis_variants, no las columnas mutation_*Esas descartan sinónimas y excluyen ORF1ab por completo. En una muestra real, 103 de 222 variantes PASS son de ORF1ab: casi la mitad de la evidencia.ORF1ab:P323L es ambiguo: leído como posición de la poliproteína cae en nsp2 codón 143, otra mutación en otra proteína. iVar además anota ese nucleótido como P314L, su numeración en ORF1b.ivar consensus fija una base: por debajo es diversidad intrahospedero. El puntaje de cada rasgo es la fracción de sus marcadores presente; el vector conserva largo fijo aunque haya ceros.Cobertura 62 de 64 marcadores; lo único fuera son deleciones, que el parser no conserva. El clasificador es regresión logística multinomial con partición temporal y comparación contra el mejor predictor constante. Las muestras del demo son sintéticas; el entrenamiento y la validación no.
Método 3 · el modelo
Crecimiento multinomial de frecuencias
La probabilidad de que una muestra del periodo t sea del linaje
i sigue un softmax sobre α + β·t.
- β es la ventaja de crecimiento, en log-odds por periodo y relativa a un linaje de referencia: el fitness es comparativo por definición.
- Se ajusta como regresión logística multinomial con el tiempo como única covariable y los conteos como pesos.
- Regularización mínima para aproximar máxima verosimilitud: con el valor por defecto el coeficiente se encoge hacia cero.
Método 3 · cuándo es confiable
Manda el número de periodos, no el total de muestras
| Régimen | Total de muestras | Desviación del estimador | Veredicto |
|---|---|---|---|
| 26 periodos × 60 | 1.560 | 0,014 | Usable |
| 26 periodos × 20 | 520 | 0,026 | Usable |
| 12 periodos × 20 | 240 | 0,126 | Ruidoso |
| 6 periodos × 8 | 48 | 4,258 | Inutilizable |
26 × 20 tiene un tercio de las muestras de 26 × 60 y casi la misma precisión. El módulo debe negarse a estimar por debajo de un mínimo de periodos en vez de devolver un número sin sentido — mismo criterio que la bandera de bajo volumen del método 1.
Método 4 · qué datos exactamente
Fenotipo por mutación
Los DMS se miden sobre fondos genéticos específicos —típicamente Wuhan-Hu-1 o un Ómicron concreto—. Extrapolar el efecto de una mutación a otro fondo tiene límites reales por epistasis: la misma sustitución puede comportarse distinto según qué otras la acompañen. Y no hay mediciones locales contra las cuales verificar que acertamos en las variantes que circulan en Chile.
Método 5 · por qué no alcanza
Tres obstáculos, y solo uno es de método
Aplicar el motor del método 3 con la mutación como unidad en vez del linaje: detectar mutaciones cuya frecuencia está subiendo. Si el modelo se construye con esa unidad configurable desde el principio, la capacidad sale sin costo adicional.
Higiene conceptual
Comparten infraestructura, no pregunta
Cierre
Cuatro de los cinco se pueden construir ahora. El quinto no depende de programar mejor.
Instituto de Salud Pública de Chile · septiembre 2026